Родитель — протоиерей Михаил Александрович Ридигер (28 мая 1902 — 9 апреля 1964) — родился в Петербурге, был последним, четвёртым, ребёнком в браке Александра Александровича и Аглаиды Юльевны Бальц (26 июля 1870 — 17 марта 1956). После Октябрьской революции вывезен родителями в независимую Эстонию. В 1942 был рукоположен во пресвитера (священника) в Казанском храме Таллина митрополитом Александром (Паулусом), первоиерархом ЭАПЦ.

Родительница — Елена Иосифовна Писарева (1902—1959) — родилась в Ревеле (ныне Таллин, тогда в Российской империи), дочь расстрелянного большевиками полковника царской армии. В детстве Алексей неоднократно посещал с родителями Валаамский монастырь (в то время на территории Финляндии). Свою роль в приобщении будущего Патриарха к церковному служению сыграл настоятель Никольской церкви в Таллине, в котором Михаил Ридигер служил диаконом, а юный Алексей — алтарником, — священник Александр Киселёв.

Уже в раннем отрочестве, по его собственному свидетельству, у него появилось желание стать священником. В 1941—1944 годы был алтарником в храмах, в которых окормлялись бойцы 1-й Русской национальной армии (Дивизия «Руссланд»).

Пятнадцати лет стал иподиаконом архиепископа Нарвского (впоследствии Таллинского и Эстонского) Павла (Дмитровского). С мая 1945 года по октябрь 1946 года служил алтарником и ризничим Александро-Невского собора, с 1946 года служил псаломщиком в Симеоновской, а с 1947 года — в Казанской церкви города Таллина.

В 1947 году, (не был принят в 1946 году когда сдал экзамены, так как, согласно тогдашним правилам, в религиозные учебные заведения запрещалось принимать несовершеннолетних), поступил в Ленинградскую духовную семинарию сразу в третий класс, а окончив её в 1949, стал студентом Духовной академии в Ленинграде.

15 апреля 1950 года Ленинградским митрополитом Григорием (Чуковым) был рукоположён во диакона; 17 апреля 1950 года — во пресвитера и определён настоятелем Богоявленского храма в эстонском городе Йыхви Таллинской епархии.