Будучи приходским клириком в шахтёрском городе Йыхви, где первое время служил один, продолжал учёбу в Ленинградской духовной академии, которую окончил в 1953 году, получив звание кандидата богословия за курсовое сочинение «Митрополит Московский Филарет (Дроздов) как догматист». 15 июля 1957 года он был переведён в город Тарту, где служил настоятелем Успенского собора и благочинным Тартуского округа.
17 августа 1958 года был возведён в сан протоиерея; 30 марта 1959 года назначен благочинным объединённого Тарту-Вильяндиского благочиния Таллиннской епархии.
Вензель Патриарха Московского и всея Руси Алексия IIПосле смерти матери, последовавшей 19 августа 1959 года, принял решение принять монашество; 3 марта 1961 в Троицком соборе Троице-Сергиевой лавры он был пострижен с именем Алексий — в честь другого святого: не Алексия, человека Божия, именем которого был наречён в крещении, но Алексия, митрополита Киевского, святителя Московского.
